Физический аппарат синергетики основан на положении, что с ростом энтропии растет хаос, а с ее уменьшением порядок, информация, организация и самоорганизация, в соответствие с Н-теоремой Больцмана. Но эта теорема основана на модели бессвязных частиц идеального газа, а свойства реальных объектов характеризуются связями между частицами. Отсюда кажущиеся парадоксы. Например, изолируем хаотическую смесь ледовых частиц и воды. При соответствующем подборе их температур, она в результате роста энтропии может превратится в упорядочный ледовый кристалл. Открытая система: яйцо. Получив тепло от курицы или инкубатора (и соответствующий прирост энтропии), оно может утратить упорядоченность и перейти в организованную систему (цыпленка). Вообще в науке при переходе от идеальных систем к реальным возникают огромные направления (гидродинамика, аэродинамика и т.п.). Связь физики в синергетике и не физических систем, не более, чем аналогии, что недостаточно для строгих построений. Подробнее смотрите: Штеренберг М.И. Физическая сущность жизни и начала теории организованных систем. М.,Новый век. 2003, Штеренберг М.И. Синергетика: наука? философия? псевдорелигия? М. Academia. 2007. А также ряд моих публикаций в "Вопросах философии" и депонент в "Биофизике".